Nadzor na tožilstvu je po Zalarjevih besedah pokazal nepravilnosti v štirih sklopih: v primeru, ko tožilec predlaga svojo izločitev; v primeru, ko gre za dodeljevanje in predodeljevanje zadev tožilcem; v primeru, ko se izvaja institut sopodpisa in v primerih, ko gre za prevzem zadeve tožilcu s strani nadrejenega tožilca. Najbolj problematična je po njegovem praksa poslovanja v primerih, ko se uporabi institut sopodpisa, ko odločitev skupaj podpišeta tožilec, ki zadevo obravnava, in vodja tožilstva.
V primerih instituta sopodpisa je po besedah Zalarja nadzor pokazal, da vodja tožilstva, potem ko zavrne svoj sopodpis, ne izda tudi posebne pisne odredbe, v kateri bi pojasnil razloge za svojo zavrnitev, kar bi sicer po zakonu moral storiti. Namesto tega zdaj na ljubljanskem okrožnem tožilstvu, pa tudi drugih tožilstvih, po besedah ministra vodja tožilstva tožilca pokliče na pogovor, ta pa ima dve možnosti: da svojo odločitev spremeni, ali pa da pri njej vztraja in jo pisno obrazloži.
Takšna praksa je po besedah Zalarja protipravna in nedopustna, saj je vodja tožilstva tisti, ki mora pisno obrazložiti, zakaj se z tožilcem ne strinja, "in s tem prevzeti odgovornost za svojo odločitev".
Pojasnil je, da je vrhovno državno tožilstvo v nedavnem odgovoru na poročilo pojasnilo, da je takšna praksa dopustna, ker naj bi vodja tožilstva po zakonu imel pravico izvajati strokovni nadzor nad tožilcem, vendar slednje po Zalarjevih besedah ne drži. Strokovni nadzor je namreč po njegovem v zakonu o državnem tožilstvu posebej urejen in ga mora vsakič znova odrediti generalna državna tožilka.
Nezadostno je po njegovem tudi pojasnilo tožilstva, da gre pri tem, ko vodja tožilstva tožilca pokliče na pogovor, za nujna strokovna posvetovanja. Takšna posvetovanja so po mnenju Zalarja dopustna, vendar morajo potekati še preden je odločitev sprejeta.
Obvezno navodilo za izvajanje državnotožilskega reda bo po besedah Zalarja odpravilo vsakršne dileme glede različnih interpretacij tožilskega reda. Ko bo navodilo izdano, bodo morali vrhovno državno tožilstvo in posamezna okrožna sodišča na tem področju vzpostaviti zakonito prakso in jo v prihodnje tudi upoštevati. V primeru, da je ne bodo, pa bo to smatral kot hujšo kršitev obveznosti.
Napovedal je tudi, da bo ministrstvo v kratkem prioritetno pripravilo spremembe zakona o tožilstvu.
Kot je znano, je bil povod za nadzor na tožilstvu odločitev slednjega, da po uradni dolžnosti uvede kazenski postopek zoper finskega novinarja Magnusa Berglunda, in nekatere informacije, ki so se kmalu zatem pojavile v javnosti. V medije je namreč prišel podatek, da je, potem ko je ena izmed tožilk že določila, da se kazenska ovadba zoper Berglunda zavrže, vodja tožilstva zavrnila sopodpis k takšni odločitvi, zadevo pa predodelila drugi tožilki.
